新兴的纳米孔测序技术可以直接对长链RNA进行测序，无需逆转录和PCR扩增，有望直接读取RNA上所有的修饰信息。然而，由于通道分辨率有限，修饰核苷酸引起的离子电流变化也与其周围序列有关，这为准确判断修饰的类型和位置以及同时检测多个修饰带来了挑战。

近日，南京大学化学化工学院黄硕教授团队发表了一篇研究论文，题目为：在NatureNanotechnology中使用工程化纳米孔识别核苷单磷酸及其表观遗传修饰。

本研究构建了一种高分辨率的耻垢分枝杆菌膜蛋白A（MspA）纳米孔，可以准确识别所有经典核苷酸及其主要修饰。野生MspA纳米孔是天然的八聚体，如何在其中引入独特的功能位点尚未见报道。

研究团队通过原核共表达系统成功将一种含半胱氨酸突变的单体引入八聚体，实现了异质MspA纳米孔的构建。然后通过马来酰亚胺苯硼酸与巯基的迈克尔加成反应，进一步将唯一的苯硼酸适体引入通道。利用苯硼酸和顺式二醇对核苷酸的可逆相互作用，研究团队完全区分了四种经典核苷酸（C、U、A、G），其效果远优于现有报道，充分证明了非均相MspA通道检测核苷酸的可行性和高分辨率。