很长一段历史时期内，《神农本草经》都是医生和药师学习中药学的教科书，或者是作为必读书，被放在了非常重要的位置上。书中对于药物性质的定位和对其功能主治的描述十分准确，其中规定的大部分药物学理论和配伍规则，到今天，也仍是中医药学的重要理论支柱。对于现代的中医临床，《神农本草经》的论述仍旧具有十分稳固的权威性，同时，它也成为了医学工作者案头必备的工具书之一。