洪武三十一年(1398)5月，太祖朱元璋患病久治不愈，迁怒于御医，下令逮捕医官。朱元璋唯独慰勉戴思恭说：“你是仁义人，不要怕。”仍重用他。不久，明太祖病逝。建文帝即位后，将诸多侍医治罪，唯独提升戴思恭为太医院使。

在戴思恭最后离开朝廷返回故里之时，朱棣曾颁布诏书“朕复招汝，汝即来也”，可见已为皇帝的朱棣对戴思恭的期待与敬重，仍然期待着让戴思恭关注他的保健医疗。戴思恭死后，皇帝传谕旨予以祭奠，说了许多称赞之辞。