中国药酒经历了几千年的发展过程，药酒的功能主治;既包括了中国古代二千年前的一些病名和病证，也包括了现代医学中的一些病名和病证，此分属二个理论体系，目前还很难统一。中国药酒是中医的一部分，因此首先要保持它传统性，但也不忽视它发展的一面。为此，我们采用目前两种理论体系均能接受的大科分类法，列保健、内、外、妇、儿、骨伤、皮肤、五官、口齿等科。

对有些目前还不太确凿的古代病名、病证，以及功能罗列一大堆，对主治不明确的药酒，则不与勉强分类，归并“其他”，有待今后进一步研究和探讨。